要组建南方临时政府用以对抗北洋，最主要的工作就是组建一支统一指挥的南方联军，剩下的民政事务这些都是次要的，实际上这也是无法完全南方诸省的实际民政事务统一，现在不管是陆荣廷还是唐继尧断然是不会把地盘交出来接受中央派遣的官员进驻，顶多就是接任中央的对他们都任命而已，这一点不管是军事还是民政上都是如此。
所以某种程度上来说，这三家军阀的联合只是名义上承认陈敬云的中央领导权，然后实际上采用联盟的方式形成一个统一的南方政府，组建南方联军用以对北洋作战。
实际上这些相关事务早在陈敬云拉拢唐继尧和陆荣廷的时候就已经进行了多次谈判，并且已经在陈敬云在南京重立国会之前就已经取得了谈判结果，重新南京国会以及后续陈敬云就职临时政府大元帅不过是过场而已。
根据陈敬云和唐继尧，陆荣廷三人之前达成的协议，组建南方中华民国临时政府后，以南京为首都，以陈敬云为最高统帅，至于陈敬云要当总统还是什么执政又或者是总理都是他陈敬云自己的事，唐继尧和陆荣廷没什么心思去管，毕竟那只是一个名称不同而已，谁敢说陈敬云当大元帅就不是南方联军的最高领导人了。
除了承认陈敬云为南方联军最高统帅外，剩下最主要的就是军队事务的整编安排了，南方临时政府要和北洋在全国范围内全面对抗，没有一支统一指挥的联军是不行的，虽然主力还是得靠国民军，但是也不能缺少桂军和滇军的加入。
而根据陈敬云和唐继尧、陆荣廷达成的协议，组建中央陆军后，将会仿效国民军现有的方式设置多个军，在军下辖数个师，负责一个战线的战事。由于桂军和滇军的数量相差有些大，所以编成的时候桂军会得到一个军的编制，滇军会得到两个军的编制，两者的下属主力野战部队都会加入到这三个军来，剩下的部分地方部队将交由各省新设立的守备司令部管辖。而且滇军和桂军也不需要去改变现有的编制，将会保持现有编制不必和国民军一样全部编成三团制部队。
除了编制外，临时政府还需要承担一部分的滇军和桂军的后勤补给，主要是弹药和其他军事物资方面，并且陈敬云还答应在三个月内给他们陆续提供相当数量的步枪，少量火炮。
这些相关谈判持续了整个六月，并且在陈敬云就职大元帅之前就已经确定了下来，所以陈敬云一就职大元帅后，立即下令整编南方各省军队，组建中央陆军。
原国民军按照原有四个军的编制以及各师旅番号，依次改编为中央陆军第一军、第二军、第三军、第四军。各师旅的番号也将前面的国民军三个字去掉，换成中央陆军，依次为中央陆军第一师、中央陆军第二师、中央陆军第三师…中央陆军第十一师；中央陆军第一混成旅、中央陆军第二混成旅…中央陆军第五混成旅，一共十一个师，五个混成旅。警卫师暂不列入中央陆军行列，而改为统帅部直属，正式番号为统帅部警卫师。
说起来也有意思，那就是这南方联军的正式番号是和北洋军的正式番号一样的，都是中央陆军第某某师，中央陆军第某某混成旅。不过正式番号如此，但是人们说的时候还是沿用北洋军，南边的称之为南方军。
陈敬云的嫡系部队国民军番号只是变动了几个字而已！同样的桂军和滇军变动的也不大，给予桂军的番号是中央陆军第五军，陆荣廷自然是军长，原桂军的六个师虽然是仿效的北洋编制，但是不管人数还是火力都是严重不足的，一个师的人数不过七八千人。如此情况下，就给了第五军三个师的番号，分别是第十二师、第十三师、第十四师。至于陆荣廷自己怎么分配这三个师的番号那是他自己的事情。
陆荣廷也干脆，当即就是把三个人数和装备较好的三个师改编为中央陆军师，然后剩下三个师被抽调了部队人员和装备后缩编为三个混成旅，并向陈敬云要了三个混成旅的编制，陈敬云也不阻拦，直接批准了陆荣廷的的要求给了第六、第七、第八混成旅的编制。使得第五军拥有了三个师，三个混成旅的部队，总兵力高达四万余人。
滇军的改变也很简单，陈敬云给了唐继尧两个军，六个师的番号。滇军的编制比桂军要标准的多，之前滇军是分成了两种编制，一种是仿效北洋以及前清新军的四团满编制，除了炮团和骑兵团不能满编外，四个步兵团还是能够满编的，另外还大量建立了两团制的混成旅。严格上来说滇军的编制和北洋军是极为相似的，而这样改编起来就方便多了。
唐继尧把驻扎在四川的两个师以及三个混成旅合编为第六军，还把其中两个混成旅合编为一个师，给第六军筹足了三个整编师另外加一个混成旅。番号分别为第十五师、第十六师、第十七师、第九混成旅，总兵力达四万余人。军长为韩建泽 留在云贵两省内的其他滇军被整编为第七军，其中有三个师和四个混成旅。三个师直接改编为中央陆军师，剩下的四个混成旅也不动，直接换上了中央陆军混成旅的名号，番号分别为中央陆军第十八师、第十九师、第二十师、第十混成旅、第十一混成旅、第十二混成旅、第十三混成旅。使得第七军拥有三个师、四个混成旅，总兵力近六万余。军长由唐继尧亲自担任。
滇军和桂军的整编计划里，主要内容就是换了个部队番号，其他的部队编制，指挥权，乃是人事都不会变动，任旧保持原有的体系。并且这些只涉及到了主力野战部队，还有相当部分地方部队并没有纳入整编计划，陈敬云已经准备在各省设立警备司令部，负责管辖指挥各省的地方守备团等地方部队。
国民军、滇军、桂军三支军队完成改编后，南方联军将会拥有二十个中央陆军师，十三个中央混成旅的主力野战部队，这些部队之间的战斗力肯定是相差不等的，陈敬云嫡系的部队和陆荣廷乃是唐继尧的部队是没法比的，要知道当初国民军组建混成旅的时候，一个混成旅的作战目标可是桂军或者滇军的师，而国民军的师级部队则是用来对抗北洋主力师的部队。尽管里面相差甚大，但是二十个师十三个混成旅的架子总算是打出来了，南方联军的气势也就打出来了。如果加上三家剩下的那些地方守备团性质的地方部队，那些还得再算出十几万的部队来。
如此一来，南方联军号称的五十万大军也并不是空穴来风，只是这五十万里真正能北上和北洋打的顶多二十万，而这个二十万里头主力也就是国民军的十来万，剩下的都是凑数的。
整编军队的过程中，陈敬云又任命唐继尧和陆荣廷为统帅部副元帅，这个副元帅和陈敬云的大元帅一样并不是军衔，而是一种职位。而鉴于现在的国民军乃至滇军桂军的高级将领，包括陈敬云和唐继尧等人在内的军衔都是北洋政府授予，现在南方临时政府成立后，北洋对这些人进行通缉，自然也就不好继续使用这些北洋政府授予的军衔了。所以在整军的同一时间内，统帅部对南方联军的高级将领进行统一授衔，这个授衔基本就是按照原有军衔授予，少数是根据现有职位来授予，对唐继尧和陆荣廷正式授予上将军衔，这一次陈敬云也是顺势把自己的军衔提升为上将。
陈敬云的大元帅、唐继尧和陆荣廷的副元帅都不是军衔，而是职位，上将才是他们的正式军衔。
陈敬云在南京忙着整合南方各军编制的时候，北洋军和南方联军的战争也正式爆发！不过这个爆发并不是众人之前认为的苏南地区，也不是皖南地区，而是爆发在湖南地区。苏南和皖南遍布国民军和北洋军的主力部队，不管是国民军要北上还是北洋军要南下，难度都不是一般的大，一大打起来那就是规模宏大的超级大战，加上现在的七月份正值长江流域的梅雨季节，天气不好道路难走，所以尽管双方已经正式撕开了脸皮，但是却没有立刻进行大规模的战争。
南方联军和北洋军的第一仗是爆发在湖南！
在陈敬云就职大元帅之后，江西和广东以及广西的桂军已经分三路向湖南进军，由于陆荣廷已经加入了南方临时政府，虽然不可能完全消除桂军和国民军的对抗，但是经过协商之后双方还是从对持严重的广东地区调出部队，国民军第三师减少了广州以西的驻军，转而抽调部分部队北上进军湖南，陆荣廷也从广东抽回了一个师和一个混成旅，只留下一个师预防不测。随后双方的从三个方向同时向湖南进军，进攻湖南的总兵力已经超过五万余人。刚进入湖南境内，国民军第一混成旅就已经在湖南省陆军第三师下属第六旅发生交战，从发爆发了北洋军和南方联军的第一场大规模战事！