根据迁徙产生变化的观点，我们就可以理解只有少部分物种在海洋岛上生活，而且其中有诸多物种是不同一般的即为本地独有的类型。我们清楚地了解那些无法逾越万里波涛的动物群的物种，像蚌类与陆栖哺乳类，何以不在海洋岛上生活；另一方面，还能够理解，同蝙蝠一般的这些可以横渡海洋的动物，其奇特的变种为何在大海中的孤岛上可见。蝙蝠的特殊物种可见于海洋岛上，却无任何另外的陆栖哺乳类，倘若用独立创造的学说来说明此种情形，就完全得不到说明。
倘若两个地区存在密切近似的或典型的物种，则依照伴随着变异的生物起源学说的观点来说明，这意味着从前同一种亲类型曾生活在这两个地区，而且，一旦在两个地区我们找到有密切近似的物种生活，我们绝对还能找到两个地区所共有的另外的物种。无论何地，在那里倘若找到诸多密切近似的而差异显著的物种，则在该地一样也能找到同一群的可疑类型与变种。诸地区的生物定然同移入者的最近根源地的一些生物存在关联，这是一个通常规律。经加拉帕戈斯群岛、胡安·斐尔南德斯群岛以及别的美洲岛屿上的差不多全部的动植物和相邻的美洲大陆的动植物的生动关系中，我们极易体会到此点：在佛得角群岛以及另外的非洲岛屿上的生物和非洲大陆生物的关系中我们也可以看到这点。不能否认，依照特创说，此等事实是没法解释的。
我们已经看到，全部过去的与现代的物种都可以群下分群，且绝迹的群一般介乎现代诸群之间，在这般情况下，它们都能够归入为少部分的大纲内。依照自然选择以及自然选择所导致的灭绝与性状差别的学说，该事实是能够理解的，而且依照相同的原理，我们还可以理解，各个纲里诸类型间亲缘关系错综复杂的缘由。我们一样可以理解，为何在分类上一些性状比另外的性状更为有用--为何某种适应的性状尽管对于生物相当重要，然而在分类上却基本上毫无价值，为何经残迹器官而来的一些性状，尽管对于生物毫无用处，可在分类上通常却有着高度的价值；另外，胚胎的性状何以一般有着最高价值。与其适应性的类似相反，全部生物的真实的亲缘关系能够归因于遗传或系统的共同性。“自然系统”是某种依据谱系的排列，经所得到的差别诸级，通过变种、物种、属、科等术语来表示的；我们应当经由最稳定的性状去找寻系统线，不论它们是什么，也不论在生活上它们如何不重要。
形成人的手、蝙蝠的翅膀、海豚的鳍以及马的腿的骨骼都是相似的--长颈鹿颈与象颈具有着相同数目的脊椎--以及数不清另外的类似事实，依照和缓慢的、微细而不间断的变异相伴随的生物起源学说，立即能够得以解释。蝙蝠的翅膀与腿--螃蟹的颚与腿--花的花瓣、雄蕊与雌蕊，即便使用目的不一样，可它们都有着相似的结构样式。此等器官或部分在诸纲的早期祖先中曾经是相似的，可后来慢慢产生了变异，从此观点出发，在大体上上述的相似性还是能够解释的。不间断的变异不一定产生在早期年龄中，而且其遗传发生在相应的而并非是更早的栖息时代；依照该原理，我们能够更为清楚地理解，何以哺乳类、鸟类、爬行类与鱼类的胚胎会这样酷似，而其成体类型又完全不同。如不得不借助非常发达的鳃来呼吸溶解在水里的氧气的鱼类那般，呼吸空气的哺乳类或鸟类的胚胎有着鳃裂与弧状动脉，对于此点，我们不必讶异。
时而由于生物的自然选择，长期不使用某些器官使得这些器官会在改变了的栖息习性或生活环境下失去作用且慢慢缩小；依照此观点，残迹器官的意义就被我们所理解。然而在生存斗争中不使用与选择往往是在各个生物成熟而且必定在充分发挥作用时，才可以对生物产生影响，可是对早期生活中的一些器官不会产生何种影响；所以在这初期年龄那些器官不会缩小或变为残迹。比如，小牛从某个有着十分发达牙齿的早期祖先那儿遗传了牙齿，可其牙齿却从不穿出上颚的牙床肉；我们应该相信，由于在自然选择的作用下，舌与颚或唇变得十分适于吃草，而不用借助于牙齿，因而从前成长动物的牙齿就因为不使用而缩小了；然而在小牛中，牙齿却未受到影响，而且依照遗传在相应年龄的规则，它们从遥远的时期一直遗传到现在。那些一点用处都没有的器官，比如小牛胚胎的牙齿或者是诸多甲虫的连合鞘翅下的萎缩翅，既然会数目众多地存在，倘若用各个生物以及它的所有相异部分都是被特别创造出来的观点来说明的话，这是无法说通的。能够说“自然”曾经想方设法地运用残迹器官、胚胎的以及同原的结构来泄露其造物的设计，只不过我们太粗心，因而无法明白它的苦心。
依照上面的论述，我完全相信，在系统的漫长历程中物种一度产生变化，就这我已进行了复述。这基本上是经由对数之不清的不间断的、微小的，有利的变异进行自然选择来实现的；而且采用重要的方式；也就是借助器官的使用与不使用的遗传效果；还有不重要的方式，即有关于不管过去或现今的适应性结构。其产生依赖于两个方面，一方面是外界条件的直接影响，另一方面是对我们来说仿佛是无知的自发变异。看来以前在自然选择以外使得结构上永久变化的此种自发变异的频率与价值，是被我低估了。可是由于近来我的结论曾被极度歪曲，而且有人说我把物种的变异全部归因于自然选择，因而请允许我指出，在本书的第一版，以及在今后的若干版中，这样一段话曾被我放在最显著的地位--《绪论》的结尾处：“我相信，‘自然选择’是变异的最关键的但并非独一无二的手段。”此话并未产生什么作用，可尽管根深蒂固的误解力量这样之大，科学的历史亦会说明，此力量是不会长久延续的。
让人无法想象的是，某种虚假的学说竟然也可以如同自然选择学说那般给上述几大类的事实以这样令人满意的解释。有人近来反对说，此种讨论方法存在欠缺；然而，该方法是用以判断一般生活事件的，而且频繁地被最伟大的自然哲学者们所运用。光的波动理论就是这般而来；而地球环绕中轴旋转的看法，至今还未找到直接的证据。倘若谁要说科学对于生命的本质或起源这一更高深的问题还未提出解释的话，这并非有力的异议。谁可以说清地心引力的本质是何呢？但是无人会反对依据地心引力这一未知条件得出的结论；虽然以前列不尼兹曾经对牛顿发难，说他把玄妙的性质与奇迹引进到哲学里来了。
我无法找到好的理由来说明本书所提出的观点何以会震动一切人的宗教感情，记住下面情况，你就会明白此种印象是多么短暂--人类曾有过的最伟大发现，也就是地心引力法则，曾经也被列不尼兹攻击为“自然宗教的覆灭，因而推理也是启示宗教的覆灭”。某位知名的作者兼神学者给我写信说，“他已慢慢感到相信‘神’创造出某些少部分原始类型，它们自己可以发展成另外的必要类型，与相信‘神’需要某种新的创造作用以补充‘神’的规律作用所产生的空虚，一样都是崇高的‘神’的观念”。
能够质问，物种的可变性为何直到最近仍然被几乎一切在世的最杰出的博物学者与地质学者所质疑。在自然状况下生物不会产生变异是不可主张的，在历史长河中变异量是某种有限的量是不可证明的，无法在物种与特征明显的变种之间找到明清的界限。物种杂交必定导致不育是不可主张的，但变种杂交却肯定能育；或者扶持不育性是创造的某种特殊禀赋与标志。一旦地球的历史被想成是短暂的，差不多无法避免地就会得到物种是不变的产物的结论；而目前对于时间的推移我们已得到了某种概念，我们就不能毫无依据地假定地质的纪录是那么的完全，因而一旦曾经物种有过变异，关于物种变异的显著证据它就会为我们提供。
可是，因为我们总是不想立刻承认强烈的变化所历经的步骤，而此些步骤又不被我们所了解，所以我们本能地不想承认某个物种会产生另外的变种。这与下面的情况相同：起初莱尔曾经主张长行的内陆岩壁的构成与巨大山谷的凹陷都是因为我们现今看到的依旧在起作用的因素产生的，非常多的地质学者对此都觉得很难接受。对于尽管是一百万年此种用语的充分意义思想可能也不能掌握，则对于历经漫长时期所积累的相当多的微小变异，其一切效果如何更是不可以综合领会。
即便我相信该书经以提要的形式提出来的观点是完全正确的，可是，对于因经历漫长的岁月而装满了大量事实的经验丰富的博物学者的思想来说，其观点和我的观点恰恰相反，我从没指望说服他们。在“创造的计划”、“计划的一致”此类说法下，我们的无知那么容易地被遮盖，且还会仅把事实重述一遍就认为自己似乎已经给出了某种解释，不论是谁，只要他的性情侧重于还没被解释的难点，而对诸多事实的解释不予重视他就肯定要否认此学说。思想被赋予相当大的适应性且已经开始怀疑物种不变性的少部分博物学者也许会受到本书的影响；可是我信心满怀地看着未来--期望那些年轻的、后起的博物学者，他们能毫无偏见地去看待此问题的两方面。经由引导已确信物种是可变的人们，不论哪一个，倘若自觉地表示出他的确信，相当于他便做了好事；因为唯有此般，才可以移去对此问题所持的深刻偏见。
若干位著名的博物学者最近阐述他们的观点，肯定在各个属中都包含着诸多公认的却并非真实的物种：而肯定另外的一些物种才是真实的，就是单独被创造出来的。我觉得，这是一个稀奇的论断。他们深信，有一些至今还被他们自己认为是特别创造出来的，而且大部分博物学者也是此般看待它们的、因此它们有着真实物种的全部外部特征的物种，是通过变异产生的，可是他们不想把这相同观点延展到别的略有差异的类型。即便这样，他们并不假装他们可以确定，又或是甚至可以猜测，哪些生物类型是因创造而来的，哪些生物类型又是因第二位法则产生而来的。在某一种情况下他们肯定变异是真实原因，可在别的一种情况下却又断然否认它，可又不指出这两种情况的不同之处在哪。在未来的某一天这将作为怪异的事例来阐明祖先见解的盲目性。