康熙帝第六次南巡，康熙四十六年正月二十二日，康熙帝从京师出发，开始第六次南巡。二十五日，在静海县杨柳青登舟。

二月初一日，康熙帝舟泊德州第六屯，对贵州巡抚陈洗密折奏报土司情形颁布谕旨，强调以不生事为主。十五日，康熙帝舟抵江南台庄地方，康熙帝登岸接见耆老，询问农事、生计。

二十日，康熙帝由清口登陆，详视溜淮套，见地势甚高，开挖新河工程艰巨，即使挖成亦不能直达清口，无助于泄出高家堰堤下之涨水，因此否决阿山等人所拟方案，命疏浚洪泽湖各口，以利泄水，挑浚蒋家坝、天然坝一带旧河，以通粮船。康熙帝还责备原议溜淮套开河方案坏民田庐、毁民坟塚。

二十一日，命将沿途所立开河标竿尽行撤去，百姓见后，均踊跃欢呼万岁。康熙帝晓谕马齐等人说：凡天下事行之有益，自应速办；无益，断不可轻举。好似人身有病，才可用药饵针砭，如果无病，有人说割肉可以延年益寿，继不能听。

开河道理也是如此。二十二日，康熙帝对河道总督张鹏翮不随时巡视河堤，唯以虚文为事提出斥责。此后，与此有关官员均革职、降级。

三月初六日，康熙帝由扬州抵达江宁府，初八日，检阅江宁驻防官兵，初九日，亲往明太祖陵行礼。十一日，康熙帝离江宁。十六日抵苏州。十七日，密封敕谕致工部尚书王鸿绪，询问有关官员骗买苏州女子事情。

二十日，康熙帝离苏州。二十三日至松江府。二十四日检阅松江提标官兵，表彰江苏按察使张伯行居官清廉，并提升为福建巡抚。二十八日，康熙帝离松江。

四月初二日抵杭州，初五日检阅驻防官兵。十二日离杭州。十五日至二十一日，康熙帝在苏州。二十四日抵扬州。五月初二日，向张鹏翮等河官谕示治河形势及方略。二十二日，康熙帝返回京城。

康熙四十六年，清政府明确实行禁止天主教政策。最初，利玛窦为传播天主教来到中国。

由于利玛窦规矩，天主教与中国传统文化、习俗没有发生冲突，所以康熙帝承认传教士信仰宗教自由，出巡时还曾亲临教堂赏赐。

康熙四十四年，罗马教皇十一世派遣使节多罗到达中国，干涉天主教中国教民尊孔祭祖，把中国习俗视为异端，干涉中国内政。这样，天主教传教士就同中国传统文化、习俗发生冲突，并且干扰了清政府正常的统治秩序。

对此，康熙帝不能允许。他谕示多罗：近日西洋来人很杂，先将定例晓谕明白，以便后来人遵守法度，不致违反。以后，西洋来人不再回去者方准到内地居住；如果今年来明年去，此种人不许居住。

此种人就好比立在大门前，议论人屋内事，既多事，又不令人信服。经过康熙帝的斥责和限制，康熙四十五年，多罗离开北京。

此后，康熙帝敕令：凡在华传教士，需领执照并表示永住中国，才许留住；不遵守利玛窦规矩者驱逐出境；领执照长住中国者，和中国人一样受到保护。

康熙四十五年十二月，清政府颁发执照。康熙四十七年，清政府对颁发的执照进行了核查，凡不领执照的传教士解送澳门，驱逐出境。

清政府实行禁止天主教政策，有效地抑制了西方早期殖民主义者，保证了清朝封建国家的政治独立而不受干扰，与此同时，也并没有影响对西方先进科学文化的吸收。