至元十四年（公元1277年）春，叛军从吉利吉思、谦州大本营南进，结集在和林北面鄂尔浑河、土拉河一带。夏季时，漠南元军击溃驻牧应昌的翁吉剌贵族只儿瓦台响应昔里吉的叛乱后，增援和林地区。七月，伯颜奉诏统领岭北诸军平叛。元军在土拉河、鄂尔浑河连胜叛军。昔里吉等败退吉利吉思。至元十五年（公元1278年），元军在唐麓岭以南巡弋，逐渐形成对吉利吉思的军事包围。至元十六、十七两年，双方不断交战，元军一度进至位于叛王巢穴的谦河、兀速水一带。这时叛军已失去继续作战的能力，各叛王之间发生了内讧。昔里吉和撒里蛮互相攻杀。至元十九年（公元1282年），他们先后赴阙谢罪。
至元十七年（公元1280年），术赤后王忙哥帖木儿病死。翌年，脱脱蒙哥继位为金帐汗，将被拘质的那木罕遣回。元廷因改封北平王那木罕为北安王。那木罕东归以后，主要驻扎在岭北。突厥斯坦方向大约在这前后已由察合台诸王阿只吉负责。此时岭北局势渐趋平静，但岭西地区却又在酝酿一场新的战争。至元十五年以后，元廷不断向别失八里增兵，力图收复天山南路诸城。海都也逐步改变已恪守多年的拥兵观望立场。至元二十年（公元1283年），海都遣八把率众三万攻斡端，刘恩以众寡不敌，破围退师。元军虽然丢失了斡端，但从至元二十一年（公元1284年）元朝的“游击军”曾进至可失哈儿一带的事实判断，至少北道的曲先这时仍被元军控制着。
就是在收复斡端之后，海都再次向元廷表示愿意和解，遣回了拘禁于窝阔台兀鲁思的安童和石天麟。至元二十一年三月，那木罕、安童相继回到漠南。但元朝不甘心轻易放弃天山南路。海都方面未获得预期反应。至元二十二年（公元1285年），笃哇、不思麻领兵十二万，击败诸王阿只吉，进围畏兀儿亦都护所驻之哈剌火州。围城之战持续六个月。城中食尽。火赤哈儿亦都护献女求和。都哇解去。元廷遂派伯颜西巡，取代阿只吉负责别失八里的军事。
至元二十三年（公元1286年），海都以偏师袭阿勒台山地区，自率主力由阿力麻里东进，在马纳思河与元军交战，击溃元军，掩杀至哈密之地。畏兀儿亦都护火赤哈儿这时屯驻于哈密，与其交战阵亡。此后亦都护移治甘肃行省的永昌。海都不久退回。元军重戍于畏兀儿之地。斡端也再度回到元朝控制下。至元二十四年（公元1287年），西北相对平静，但东北地区爆发了铁木格斡赤斤后王乃颜的叛乱。至元二十五年（公元1288年），西线海都军东进打败岭北的元军。次年，忽必烈不顾高龄亲征海都。大德五年（公元1301年），海都几次战败，死于退军途中。大德十年（公元1306年），其子察八儿率部归顺元朝，海都之乱才算最终结束。
海都从至元五年（公元1268年）起兵，到元成宗大德五年（公元1301年）受伤死去，同元朝中央政府周旋了近三十年，除了海都的个人才能外，应该说西北宗王们对这位落难王孙的同情和支持，是他能支撑这么久的一个重要因素。
海都之乱的影响其实是很大的，元朝在西北的军事行动，并没有获得很大的成果，反而屡屡引发海都为维护西北宗王的势力范围而起兵称乱。为削弱元廷对西北的军事压力，海都一再进攻岭北。而当战火烧到岭北的时候，要同时维持远离中原根据地的西域和岭北这两个地区的战事，对忽必烈来说确实有些力不从心。岭北是“祖宗根本之地”。保住岭北对保持号令诸藩兀鲁思的大汗地位至关紧要。为了集中力量确保岭北，元廷被迫收缩它在西北方向的战线。至元二十六年（公元1289年），元朝撤出斡端。自此别失八里从元朝在西北地区的统治中心变为西北前沿的边城。忽必烈死后，元朝虽曾再度在曲先设置都元帅府，但不久就连同别失八里、哈剌火州一起被察合台兀鲁思占有，至此元朝势力基本上退出了中亚。
“折腾了足足三十年，忽必烈到死都拿他没奈何，这个人也挺了不起的。”听了孙珲的讲述，叶楚楚说道，“不过这一次忽必烈不必为灭宋烦恼，应该能够腾出手来全力对付他了吧？”
“对。”孙珲点了点头，“现在日本也拿下了，宋朝这边刚刚打完越南，暂时也不会北上，他可以放开手对付海都，所以海都这一次估计是坚持不了那么久了。不过历史现在已经改变了，还会发生些什么事，还真不太好说。”
“那咱们不如去看看得了，要是发生了什么对宋朝不利的事，还可以及时纠正。”肖甜甜说道。
“这回有飞船了，甜甜你是想回中亚看看吧？”王琳琳笑道。
“其实挺怀念在中亚的那段日子的。”肖甜甜微微一笑，点头承认了。
“那就去吧。”孙珲说道，“我的计划是要忽必烈继续西征，最后再打到欧洲去，他要是和海都掐得太狠，蒙古人实力消耗太大就不好了，所以真的有必要及时纠正。”
五人计议已定，当下便开始了“空中观战”行动。
但此时孙珲一点也没想到，他看到的会和他的预料有太多的不同。
叶楚楚将手放在了陨铁球上，闭上了眼睛冥想了一会儿，飞船解除了隐形的状态，渐渐开始加速，向一个方向飞去。
“这艘飞船可以用意念操控，真是方便呢。”王琳琳赞叹道。
“也不知道这艘飞船是从哪里来的，什么时候到地球上的。”肖甜甜在一旁说道。
“要是我猜得不错，应该就是传说中的‘沦波舟’吧。”孙珲看着叶楚楚操纵着飞船飞行，“恐怕到现在有上千年的历史了。”