崇祯六年四月，皇太极领诸贝勒百官出沈阳城十里迎接孔有德耿仲明，以女真人最为隆重的“抱见礼”相待。
五月，山西巡抚许鼎臣上疏奏明山西连年且流寇肆虐民不聊生，奏请减免山西赋税三年，正直朝廷刚查明各省欠缴盐课三百二十万两，绸缎数十万匹，勒令各有司限期补缴，朝臣闹哄哄争吵一番后，正为钱粮发愁的朱由检拒绝减免山西赋税。
当月，被皇太极赶到青海的林丹汗缺衣断粮，领五万蒙古骑兵于清水、横城一带入寇宁夏，明廷宁夏诸参将守备纷纷溃逃，林丹汗大军一路大肆劫掠，直逼灵州，贺虎臣领一千余骑驰援灵州，并四处出击，阻击小股蒙古骑兵，不幸被林丹汗主力包围，贺虎臣战死，其子贺赞领五十骑突围而出。
战报传到京师，朱由检又惊又怒，遂追封贺虎臣都督佥事，并将延绥巡抚耿好仁逮拿治罪。
五月下旬，援交总兵邓玘领两千川军与济源善阳山一带射杀紫金梁王自用，流寇遂推闯王高迎祥为义军首领。
六月，流寇兵分数路，一路于山西潞安府攻破平顺县，杀知县徐明扬，曹文诏率三千兵马疾驰平顺，大败流寇，并一路从太行山追出河南北部，于阳城、偏店一带杀得流寇连连败退。
另一路流寇于河南北部先攻破河顺镇，再破林县，又往南寇略辉县一带，进逼卫辉城，城内潞王告急，一日连发十数道急报四出求援。
因邓玘的川军离开四川已有数年之久，先是崇祯二年入京勤王，又于崇祯五年入登莱平乱，征战千里，早已思乡心切，登州孔有德之乱后，邓玘上疏奏请返还四川，朝廷不允，又命他入河北剿匪，虽在济源射杀王自用，但川军早已毫无战意，怨言不断。
当月，闯王高迎祥、八大王张秉忠和闯塌天刘国能合兵攻打磁州，邓玘领川军驰援磁州，高迎祥、张秉忠等却突然掉头攻打兵力较为薄弱的河南毛葫芦兵，邓玘又掉头驰援毛葫芦兵，结果于林县一带中伏，川军大败，参将杨遇春战死，川军死伤一千余。
张秉忠持杨遇春印信前往毛葫芦兵营寨调遣援兵，毛葫芦兵信以为真，出兵驰援，途中又中埋伏，主将邓守贤阵亡。
邓玘领残兵退守汤阴县，被高迎祥张秉忠等围困，幸得左良玉援救。
幸免于难的邓玘与左良玉合兵一处，杀得流寇连连大败，高迎祥张秉忠等人被撵得慌不择路，一头撞上昌平副总兵汤九州率领的昌平兵，又被杀得溃不成军。
邓、左、汤等人一路追击，迎面碰上正四处乱窜的混天王，并将混天王斩于乱军之中，又继续追杀流寇主力，直至高迎祥张秉忠等残兵败将逃入太行山。
晋陕豫剿匪风起云涌之际，京师朝堂也同样暗流涌动。
温体仁和周延儒从崇祯四年就开始相互指使言官弹劾对方，诸如结党营私、排除异己、收受贿赂、家中子弟横行乡里等等。
其实，这些事两人都干得不少，只不过温体仁更狡猾，也更奸诈，先一步拉拢了诸多宦官，从崇祯六年初宣府监军王坤弹劾周延儒，引发朝野震动后，便逐渐占了上风。
紧接着，温体仁一党又发起更猛烈攻势，户科都给事中陈赞化、李世祺、户科给事中朱文焕等再次弹劾周延儒收受贿赂，结党营私等。
六月，周延儒见招架不住，便托病请辞。
朱由检也厌烦了两人在朝堂争来争去，大笔一挥赐下金银彩缎，派兵护送他回乡。
温体仁终于如愿当上了首辅，执掌朝堂。
但他没过上几天好日子，没多久东林党、周延儒余党等又开始纷纷弹劾他。
七月，明军主力正在追击围布流寇主力时，残余流寇趁机化整为零钻出缝隙，跋山涉水，在太行山里漫山遍野四处乱窜。
没多久便在山西辽州一带重新汇合成上万大军，朝辽州以北的乐平县进发。文学大 更有一部分流寇窜到了太行山脉西侧的太岳山，并会聚一处，进入山西腹地的汾州一带劫掠。
许鼎臣大吃一惊，急忙命山西总兵张应昌和监军闫思印回兵，剿灭汾州流寇。
就在这时，许鼎臣收到军报，山西游击将军秦川终于到了。
许鼎臣大喜过望，急忙写调令派人送去给秦川，命他立刻驰援汾州。
其实秦川早应该到了，他只是路上花了点时间，收拾了一股只有数百人，却带着上百石粮食和好几百白银的流寇，这才姗姗来迟而已。
打流寇是个很挣钱的行当。
收到许鼎臣的调令后，秦川拿地图看了一小会，然后大手一挥，掉头往汾州。
驰援是不可能驰援的，他军队中运着两百石粮食，还有战马十来天的豆料和草料，这些骡马车在太岳山的山路上行进缓慢，一个时辰才走了十三四里路，还得找有水源的扎营地，每天只能行五十里路。
丢下粮食草料更是不可能的，以他在山西的名声，当地官府是不会给他补给的，他只能时刻拖着粮食去打仗。
事实上，明军之所以追不上流寇，就是因为得拖着军粮前行。
流寇可以什么都不要，跑进大山里刨树皮吃，也一路打劫，抢到哪吃到哪。
但明军不行，客军在当地常常得不到补给，哪怕巡抚之类的大官严令各地给军队筹集军粮，当地的县城、村寨等仍会紧闭城门，不给客军靠近一步，好心的会从城头上吊几袋粮食下来，难说话的还会放炮攻打友军。
曹文诏就挨过，追击流寇的时候军粮耗尽，想沿途县城要粮，结果被城头的守军放炮轰死几个兵。
卢象升战死巨鹿之前，也曾军粮短缺，向真定府乞粮却分毫不得，最终心生绝望，力战赴死。
明末各地州县的官仓府库里，确实很多都没粮了，有些州县官府也确实拿不出粮食。
但，那些缙绅大户有的是粮食。
他们只是不愿捐出来而已。
各地赶来剿匪的客军，基本上都会等各地巡抚、监军等把军粮送到，才会带着粮食开拨剿匪。
这种难以得到补给的情况，不但使得流寇怎么剿也剿不灭，还容易引发士兵哗变，使得将领纵容甚至亲自带队劫掠百姓。
左良玉和贺人龙就是劫掠百姓最典型的两个，这两人性格比秦川还草莽，一言不合就抢，左良玉到后面更是拥兵自重，听调不听宣，最后被洪承畴给诱杀了。
秦川自然不会放过这个抢大户的机会。