从苏州回到镇江的这几天，周士相一直不得闲，不但有大堆的公文需要他处置，还得不断召见部下将领，对他们面授机宜。原本定于四月北上辽东的计划因江南暴乱不得不暂时搁置下来，当前乱后重建和赈灾等事项成了军部的头等大事。
这其中不但需要军队稳定地方，剿灭余匪，恢复地方治安，重建地方统治，更重要的是，军队需要以“救世主”的面貌面对百姓。原先从各地调集到松江、崇明的大批军粮现在也不得不从仓库拉出，用以赈济因为暴乱而家园被毁的百姓。
初步统计，此次暴乱死伤百姓多达十二万人，流离失所，无家可归的有近五十万众。如果能将赈灾安置和镇反运动相结合，使流离失所的百姓能够尽快返乡重建家园，无疑能够极大改变太平军的形象，拉近太平军和江南百姓的距离。
周士相对灾后重建很重视，相继投入四个镇的力量用于赈灾。在太平军之前，明朝军队几乎还从没有过大规模赈灾的经历，也没有这方面的经验。而早在广东时，太平军就从事过风灾救援和灾后重建的相关工作。一定程度上，太平军已经有了后世人民军队的雏形，当然，仅仅是军队机制的雏形，而不是思想和人性方面。本质上，太平军依旧是一支封建军队，只不过因为统帅的缘故，使之具有了后世军队的一些职能。
在忙着部署灾后重建和灾民安置时，周士相抽出空接见了从北京来的传教士南怀仁。
南怀仁从北京南下后，先是在扬州呆了半个月，然后被送到南都。在去镇江之前，南怀仁见过被定武帝接入宫中的朱慈煊。
朱慈煊出生时即受洗成为天主教徒，教名“当丁”，即“君士坦丁”。当时替朱慈煊受洗的西方教士希望借由朱慈煊的受洗与即位，使明朝能如同罗马帝国般开始转天主教为国教。这一策略很成功，因为不但朱慈煊受洗成了天主教徒，永历帝朱由榔本人也成了天主教徒。
不过可惜的是，朱由榔没能恢复明朝，反而死在了四川的丛山峻岭之中。而明朝现在的皇帝对天主教并不感兴趣，而因为朱由榔的缘故，朱慈煊已然失去了大明帝国继承者的身份。据宫中的消息说，朱慈煊很有可能会被皇帝册封为亲王，然后回到他祖父曾经就藩的衡州居住。这个消息是真是假，南怀仁暂时无从分辨。他可以肯定的是，朱慈煊不可能再成为天主教的合作者，天主教现在唯一能够合作的伙伴就是那位并不在南都的齐王，也就是鞑靼人口中的“贼秀才”。
在枯燥等待了两个多月后，南怀仁终于得到通知，他可以面见齐王殿下了。带着些许忐忑的心情，南怀仁从南都前往镇江，路上听到了有关江南正在发生暴乱的消息。这个消息让南怀仁十分苦恼，因为他担心那位齐王殿下可能因为此事而不得不放弃与他的见面。事实也正如南怀仁所想，他到了镇江后，果然没有见到齐王殿下，而是被当地官员安置在一座寺庙中。
半个月后，他方才见到了从外地回来的齐王殿下。让他高兴的是，那位年轻的齐王殿下对于他似乎并不陌生，并且对天主教也没有什么敌意，这和澳门传来的有关这位齐王殿下的情报并不符合。
南怀仁有些激动，认为他来南方是对的，很有可能，天主教在东方的宏伟事业将在他手中开启。只是，南怀仁却怎么也没有想到，这位年轻的齐王殿下虽然对天主教和他都有好感，但却不愿听他多说上帝的福音，而是告诉他，天主教在东方的传教士必须协助他的军队进行有关火器、大炮的改良和生产，并且在他开办的学校中任职，教授他们所会的算术、天文、地理、造船等知识。只有传教士们的工作让他满意，他方可能考虑给予天主教在东方传教的自由。
最后，这位齐王殿下以近乎威胁的口吻告诉南怀仁，如果他不同意，或者他所在的教会不同意他的要求，那么，天主教就会被宣布为邪教，以律法的形式禁止他们在中国的一切活动。
南怀仁不能替教会做决定，于是他写了一封信给北京的汤若望。但是他本人却答应了齐王殿下的要求，愿意协助明朝的军械司研制齐王声称的开花炮弹。
对于宗教的态度，周士相一如继往，那就是所有的宗教都是邪教，只要是宣称有神存在的宗教，都是反文明的存在。只是，他本人不信神，也不信教，可是这个时代的百姓却迷信这些虚构事物的存在。哪怕在他的前世，也有很多愚蠢的人相信有所谓的神灵。
既然无法制止宗教传播，那唯一的办法就是自己创造一个宗教。
镇压弥勒教的同时，周士相秘令军部加大扶持罗教，并着手编修一部新的教义，加入他所认可的理念，并结合弥勒教那种一神教的传教优点，意图将罗教打造成为汉人的唯一宗教或是大教。
其中，侵略性和抱团性是周士相希望罗教能够具备的。因为他不希望自己死后，或者将来有一天，会有外来的宗教蔓延传入中国，导致严重的宗教问题。那么，在官府不作为或没有意识到宗教威胁时，罗教作为汉人的一神教能够战斗在反侵略宗教战斗的最前方，并且同样向外扩张，做到以彼之道还施彼身。
至于天主教，周士相现在需要的仅仅是他们的协助。毕竟，天主教的传教士不全是神棍，很多都是优秀的科学人才。而现在，周士相最缺的就是人才。几十年战乱下来，汉族人口的大规模锐减同样导致优秀科学人才的缺失。
南怀仁就是一个优秀的造炮专家，周士相相信，有了他的帮助，再有程汉斌和他手下军械局的努力，自己已经给出大致方案和构思的开花大炮很快就能面世。那样，无疑是宰割鞑子的利器。
接见南怀仁的第二天，又一个从北方来的人被带到了周士相面前。
这个人的来头比南怀仁还要大，因为他是现任衍圣公孔兴燮的弟弟孔兴贞。
孔兴贞带来了他哥哥孔兴燮的亲笔信，信中，孔兴燮如一条摇尾乞欢的狗一样，向周士相表达了曲阜孔府对大明朝和他齐王殿下的支持。换言之，孔兴燮在大清朝还没有灭亡的前夕，再一次做出了很明智的决定，那就是提前倒明。
如果没有意外，周士相会如历史上任何一个朝代一样，笑纳孔家人的投诚，然后将他们高高捧起，做为读书人的象征和表率。
只是，这一次，孔家人失算了，因为周士相对他们深恶痛绝。在他看来，曲阜孔府根本不是什么大成先师的继承者，也不是什么天下读书人的表率，完全就是一帮没有骨头，没有气节的汉奸杂种。
“孔老二的后人是一狗不如一狗了。”
周士相对徐应元如此说道，这话让徐应元很是愕然，因为从来没有人敢说大成至圣先师孔子是孔老二。这个称呼若是传了出去，周士相肯定会成为天下读书人的公敌。
周士相根本不理会徐应元的震惊，他笑道：“说孔家人是狗，还是抬举了他们。真正的好狗，主人有难了，总会叫上几声，甚至还能殉主，可孔家这条狗，主人有难就立即转投新主。谁给他骨头吃，他就认谁是主人，所以，说他们是狗，真是有点贬低狗了。”
“咳咳”
徐应元险些呛出声了，他吓得一句话也不敢说。
周士相摇了摇头，一边将南都传来的顾炎武《留都议国公揭》遭到以黄宗羲为首的南都官绅反对的情报扔到案头，一边道：“为什么这世上总有人以为离了读书人，离了那些士绅老爷，天就要塌了呢？我看，没有这些饱读诗书的士绅老爷，咱们大明朝的天还是好好的。我早说过，驱逐鞑虏、恢复中华是要流血，是要死人的，不是请客吃饭，谁来就认谁的。既然这些官绅老爷们总是以为天下离不得自己，不愿承认他们的过失，不愿承认他们的落后，那么就来一次彻底的革新吧。
这一回，不但科举要改革，朝堂要改革，就是孔老二也一并革掉！”
“儒学初起之时，天下的学问多了去，道、墨、法、名、兵、阴阳、纵横、杂、农等等，大家平起平坐，百花争鸣，谁对国家有利，君主便听谁的，这就很好。可为何最后独尊儒家了？这儒家有什么好？”
徐应元张着嘴巴，不知如何接周士相的话。他也是儒生，大帅也是儒生。可听大帅的话，却是要反儒了，甚至要将曲阜孔府连根拔起，转换新学，这，实在是耸人听闻，让他脑子根本转不过来。
“还不是儒家最听话！”
周士相一拍桌子，“儒家兴旺，孔家发达，曲阜孔家，不得了，哪个帝王不给个三分薄面？刘家、司马家、杨家、李家都没少封赏，到了宋朝赵家坐皇座的时候，可劲儿拍孔家马屁，不但封了孔家人为衍圣公，还修了曲阜孔府。按说这孔家本属华夏正宗，儒家也是华夏，孔丘自己也曾讲过“华夷之辨”，况且这华夏的帝王官民对孔家着实不错，这孔府总该心向华夏矢志不移了吧？可事实呢？”
周士相冷冷一笑：“孔家后人都是识时务的俊杰啊，赵宋对孔府掏心掏肺的，可孔府却没想吊死在赵宋这棵树上。赵宋被完颜家打到南边去了后，孔府立即派出孔端操向大金表中心，受封衍圣公。虽说这金夷的奶有股子膻味，那也是娘啊！”
“居处恭，执事敬，与人忠。虽处夷狄，不可弃也。”
徐应元一怔，大帅说的这句话是正是孔圣所言。不过很快周士相又说了一句：“我则异于是，无可无不可。真是可笑，孔丘叫人家做的，他自己不做，这话什么意思，还不是谁给骨头谁就是主人，管他是人还是畜生。”
徐应元有些无语，但细一想，大帅说的也不是没有道理。当年蒙古兴起灭了金朝，曲阜孔府立即在衍圣公孔元用的率领下大义凛然地倒向了忽必烈，为表耿耿赤子之心，孔元用亲率族人加入元军，清剿汉人“反贼”，结果“不幸”死在军中。
孔元用死后，孔元措一系乘机夺权，孔家内部为了衍圣公称号展开了争夺，持续数代。最后，元仁宗判孔元措一系为正溯，孔元用一系彻底败北。呜乎哀哉！可怜孔元用为忽必烈统一大业流尽了最后一滴狗血，他的后人却惨遭蒙元排挤打压，真是没有天理。
“我当年读史，可是看得明白。孔府为了取悦忽必烈，还派大儒张德辉与元好问等觐见忽必烈，跪请他为“儒教大宗师”。堂堂华夏“圣学”，竟然请得一位双手沾满数千万汉人鲜血的酋首来做大宗师，这算个什么？”
“等太祖皇帝恢复中华，孔府再度倒戈，不过这也算归为正统了。要是没有孔胤植，我倒也无意说他孔府多少。可这孔胤植也忒是不要脸了些，此公本非孔府嫡传，却受封衍圣公，还先后被加太子太保和太子太傅，大明对他可谓是君恩如山。可李自成一入山东，离曲阜还远着呢，孔府就出朱示，令人供奉大顺国永昌皇帝龙位，并献马献银，跪纳印信。哪晓得这回换主急了点，没几天，大顺军跑了，来了满鞑子大军，这位衍圣公知错就改，即上《初进表文》，向清廷表忠心。接着，为响应满鞑发布的剃发令，孔胤植隆重举行了剃发仪式，恭设香案，宣读圣谕，令族人剃发。可于此同时，那满清大兵正在江阴、嘉定等地屠戮我江南千万不愿剃发的百姓！”